郑永年离开新加坡后，改在内地任职，于中国学术界非常活跃。

中共总书记习近平9大"国师"之一的中大深圳分校讲席教授郑永年，早前传出涉嫌在新加坡国立大学（新国大）东亚研究所任职所长期间性骚扰女职员受查，其中一宗遭警方予以严厉警告。郑永年当时曾发声明否认。新国大周二（17日）公佈相关非礼投诉的调查结果，指未有证据证明郑永年性骚扰，但他曾未经同意拥抱当事人，故予书面警告。

郑永年现为香港中文大学（深圳）全球与当代中国高等研究院院长，8月曾应邀出席中共总书记习近平主持的经济社会领域专家座谈会并发言，被视为习的经济智囊之一。他于9月时被揭因涉嫌非礼新加坡国立大学东亚研究所女职员，遭新国大调查。当时报道指，郑涉及2宗性骚扰指控，其中一件导致郑永年被警方严重警告，另一件因警方调查后表明"不会採取进一步行动"而结案。校方则表示成立调查委员会展开调查，郑永年随后发表声明宣佈辞职，并否认指控。

新国大周二就事件发声明，正式公佈东亚研究所前所长郑永年被指控非礼的调查报告。报告指，针对郑永年的性骚扰指控都没有证据证明属实，不过，郑永年在工作会议上，未经同意拥抱东亚所女职员，这行为在"专业环境下不合适"，违反了国大职员行为守则。

根据该校规定，相关处分是给当事人书面警告，新国大将此次内部调查结果记录在案，并已通知已离任的郑永年。

调查涉及对郑永年的3宗指控，依次为：2018年5月9日在一个会议上，将手放在东亚研究所一名女职员的肩膀和头上；2018年5月30日在会议上，拥抱女职员，并拍臀部；以及2018年10月在拍群体照时，撑住东亚研究所职员的背部。

报告指，郑永年承认在2018年5月30日于办公室拥抱该女职员，但否认拍臀部或触摸她的臀部。调查委员会指出，除拥抱外，其他指控因缺少证据，无法证实其真实性。

郑永年离开新加坡返回中国后，9月23日出任中大深圳分校全球与当代中国高等研究院院长。9月28日，上海交通大学成立政治经济研究院，并聘任郑永年为教授、名誉院长，校方还为他举办盛大的公开仪式。

郑永年目前活跃于大陆学界与舆论场，他时常接受内媒採访畅谈中美关係、东亚局势，并阐述习近平的经济政策。

习近平的经济智囊团队有9位"国师"，在台湾出生的北京大学国家发展研究院名誉院长林毅夫排行榜首。9名专家代表还包括：郑永年、中共经济体制改革研究会副会长樊纲、清华大学国家金融研究院院长朱民、清华大学公共管理学院院长江小涓、中国社会科学院副院长蔡昉、中共社会科学院世界经济与政治研究所所长张宇燕等人。

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